閼伽井坊多寶塔相傳為藤原鎌足（614年-669年）創建的日本十六塔之一，但從結構與工法來看，可推測是室町時代（1336年-1573年）末期的建築。
此塔目前已被指定為日本國家重要文化財。塔高13.7公尺，採用薄木板修葺塔簷的兩層塔體現出日本文化的傳統之美，莊嚴肅穆。塔中供奉有大日如來。